"Система" из них самое обобщенно-нейтральное, но именно поэтому бывает и самым зловещим - в конструкциях типа "систему победить невозможно".
Любопытна пара "строй" и "режим". "Строй" - в смысле хоть музыкальном, хоть строительном - одинаково предполагает законченную сознательно-искусственную организацию неких частей, которая только и придает смысл этим частям, малозначительным и недееспособным самим по себе.
"Режим" в каком-то смысле противоположен "строю", поскольку подразумевает некий сознательно выбранный из нескольких возможных способ функционирования некого сложного механизма. Противоположность в том, что "строй" может быть только разрушен - ни настроенный музыкальный инструмент, ни здание не могут быть преобразованы во что-то другое плавно; можно только сделать все по-новой с нуля. Тогда как "режим" по идее может быть переключен простым поворотом рычага.
Поэтому, например, "режим Саддама Хуссейна", но не "политический строй Саддама Хуссейна": режим [предположительно] можно изменить без катастрофы, а строй - нельзя.
